Achievements

[Publications (*:Corresponding author)]

Nakano M, Imamura R, Sugi T*, Nishimura M*
Human FAM3C restores memory-based thermotaxis of Caenorhabditis elegans famp-1/m70.4 loss-of-function mutants
PNAS Nexus Vol.1(5), 2022
Yanagi T, Kaminaga K, Suzuki M, Abe H, Yamamoto H, Ohshima T, Kuwahata A, Sekino M, Imaoka T, Kakinuma S, Sugi T, Kada W, Hanaizumi O*, Igarashi R*
All-Optical Wide-Field Selective Imaging of Fluorescent Nanodiamonds in Cells, In Vivo and Ex Vivo
ACS Nano   Vol.15(8), 12869-12879, 2021
Shigyou K#, Maeoka H#, Igarashi R*,  Sugi T*
Calcium imaging in freely behaving Caenorhabditis elegans with well-controlled, nonlocalized vibrations
J Vis Exp    Vol.170, e61626, 2021
Igarashi R*, Sugi T, Sotoma S, Genjo T, Kumiya Y, Walinda E, Ueno H, Ikeda K, Sumiya H, Tochio H, Yoshinari Y, Harada Y*, Shirakawa M*
Tracking the 3D Rotational Dynamics in Nanoscopic Biological Systems
J Am Chem Soc   Vol.142(16), 7542-7554, 2020
Kawatsuki A, Morita S, Watanabe N, Hibino E, Mitsuishi Y, Murayama S, Sugi T,  Murayama S, Nishimura M*
Lipid class composition of membrane and raft fractions from brains of individuals with Altzheimer's disease
Biochem Biophys Rep   Vol. 20 100704, 2019
Sugi T*, Ito H*, Nishimura M, Nagai KH*
C. elegans collectively forms dynamical networks
Nature Commun   Vol. 10 No. 1, 683, 2019
Sugi T*, Igarashi R*, Nishimura M
Noninvasive mechanochemical imaging in unconstrained Caenorhabditis elegans
Materials   Vol. 11 No. 6, 1034, 2018
Sugi T*
Genome editing of C. elegans
Methods Mol Biol   Vol. 1630, 247-254, 2017
Sugi T*, Okumura E, Kiso K, Igarashi R
Nanoscale mechanical stimulation method for qunatifying C. elegans mechanosensory behavior and memory
Analytical Sciences  Vol. 32 No. 11, 1159-1164, 2016
Sugi T*
Genome editing in C. elegans and other nematode species (Review)
International Journal of Molecular Sciences   Vol. 17 No. 3, 295, 2016
Sugi T*, Ohtani Y, Kumiya Y, Igarashi R, Shirakawa M
High-throughput optical quantification of mechanosensory habituation reveals neurons encoding memory in Caenorhabditis elegans
Proc Natl Acad Sci USA   Vol. 111 No. 48, 17236-17241, 2014
Yoshinari Y*, Mori S, Igarashi R, Sugi T, Yokota H, Ikeda K, Sumiya H, Mori I, Tochio H, Harada Y*, Shirakawa M
Optically detected magnetic resonance of nanodiamonds in vivo; implementation of selective imaging and fast sampling
J Nanosci Nanotechnol  Vol. 15 No. 1, 1014-1021, 2015
Sugi T*, Ohtani Y
Simplified method for cell-specific gene expression analysis in Caenorhabditis elegans
Biochem Biophys Res Commun   Vol. 450 No. 1, 330-334, 2014
Sugi T#, *, Sakuma T#, Ohtani Y, Yamamoto T
(#Equal contribution)
Versatile strategy for isolating transcription activator-like effector nuclease-mediated knockout mutants in Caenorhabditis elegans
Dev Growth Differ   Vol. 56 No.1, 78-85, 2014
Igarashi R#, Yoshinari Y#, Yokota H#, Sugi T, Sugihara F, Ikeda K, Sumiya H, Tsuji S, Mori I, Tochio H, Harada Y*, Shirakawa M*
(#Equal contribution)
Real-time background-free selective imaging of fluorescent nanodiamonds in vivo
Nano Letters   Vol. 12 No.11, 5726-5732, 2012
Sugi T, Nishida Y, Mori I*
Regulation of behavioral plasticity by systemic temperature signaling in Caenorhabditis elegans
Nature Neuroscience   Vol. 12 No.8, 855-862, 2011
Nishida Y#, Sugi T#, Nonomura M, Mori I*
(#Equal contribution)
Identification of the site of action of CREB protein in C. elegans thermotaxis
EMBO reports  Vol. 14 No.8, 984-992, 2011
Sugi T, Oyama T, Morikawa K*, Jingami H*
Structural insights into the PIP2 recognition by syntenin-1 PDZ domain
Biochem Biophys Res Commun   Vol. 366 No.2, 373-378, 2008  
Sugi T, Oyama T, Muto T, Nakanishi S, Morikawa K*, Jingami H*
Crystal structures of autoinhibitory PDZ domain of Tamalin: implications for metabotropic glutamate receptor trafficking regulation
The EMBO Journal   Vol. 26 No.8, 2192-2205, 2007

[Other publications (Reviews in Japanese)]

杉 拓磨
“線虫におけるTALENを用いた遺伝子改変”
実験医学別冊「今すぐ始めるゲノム編集」 2014
杉 拓磨
“私の学会聞き歩き(The First Annual Winter q-bio Meeting):
構成(合成)生物学の最前線にて”
細胞工学  Vol. 32, No. 6, 2013
杉 拓磨
“線虫の記憶”
生物物理誌  Vol. 52, No. 3, 144-145, 2012
杉 拓磨,  森 郁恵
“線虫の記憶を制御する温度受容システムの発見”
実験医学Vol. 30, No. 1, 2012
杉 拓磨,  森 郁恵
ライフサイエンス新着論文レビュー
Online: http://first.lifesciencedb.jp/archives/3233#more-3233
杉 拓磨,  森川 耿右,  陣上 久人
"代謝型グルタミン酸受容体の細胞膜への輸送メカニズム:足場タンパク質Tamalinによる自己阻害機構の構造機能解析を通じて"
生化学 Vol. 80, No. 5, 416-420, 2008

[Patent]

杉 拓磨,  今村 隆輝, 広瀬真里枝, 臼杵 深
特願2023-003395 画像処理装置, 画像処理方法およびプログラム
杉 拓磨,  今村 隆輝,  臼杵 深
特願2022-202566 画像処理装置, 画像処理方法およびプログラム
杉 拓磨,  執行  航希,  臼杵 深
特願2021-185638 ライトフィールド光学系およびライトフィールド画像処理システム

[Awards]

杉 拓磨(受賞者)
公益財団法人 中島記念国際交流財団 若手研究者研究助成,  2014年12月
杉 拓磨(受賞者),  西田 征央,  森 郁恵
第62回日本細胞生物学会大会 若手優秀発表賞,  2010年5月
杉 拓磨(受賞者),  森川 耿右,  陣上 久人
第82回日本生化学大会 優秀プレゼンテーション賞,  2009年10月
杉 拓磨(受賞者),  西田 征央,  森 郁恵
日本遺伝学第80回大会 ベストペーパー賞,  2008年9月

[Grant]

現在進行中の研究
国立研究開発法人 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業 PRIME
研究期間:2019.10〜2023.3
研究課題名:全ライフコース全脳イメージングによる力覚応答反応低下機構の解明
役割:研究代表者
研究経費:92,300千円(直接経費:71,000千円)
国立研究開発法人 科学技術振興機構 創発的研究支援事業
研究期間:2023.4〜2030.3(研究開始猶予制度利用中)
研究課題名:革新的リアルタイム三次元計測・操作技術の開発と応用
役割:研究代表者
研究経費:65,000千円(直接経費:50,000千円)
国立研究開発法人 科学技術振興機構 未来社会創造事業
研究期間:2022.10〜2025.3
研究課題名:生体内三次元動態のオペランド解析技術の開発
役割:研究代表者
研究経費:45,500千円(直接経費:35,000千円)
国立研究開発法人 科学技術振興機構 A-STEP
研究期間:2022.10〜2025.3
研究課題名:スキャンレス4Dイメージング・操作顕微鏡の開発
役割:研究代表者
研究経費:37,500千円(直接経費:28,846千円)
キヤノン財団研究助成プログラム
研究期間:2022.4〜2025.3
研究課題名:超高速高分解能3D計測・操作を実現する新顕微鏡の開発
役割:研究代表者
研究経費:20,000千円(直接経費:20,000千円)
国立研究開発法人 科学技術振興機構 START(ビジネスモデル検証支援)
研究期間:2022.8〜2023.3
研究課題名:超高速高解像4Dイメージング顕微鏡技術の事業化検証
役割:研究代表者
研究経費:5,850千円(直接経費:4,500千円)
日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究(B)一般
研究期間:2021.4〜2024.3
研究課題名:個体集団における状態転移機構の解明
役割:研究代表者
研究経費:17,160千円(直接経費:13,200千円)
日本学術振興会 科学研究費補助金 新学術領域研究「ソフトロボット学の創成」計画班
研究期間:2018.7〜2023.3
研究課題名:コントローラブルな生物リズム・パターンの創成
役割:研究分担者
研究経費:32,240千円(直接経費:24,800千円)
日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究(C)
研究期間:2022.4〜2025.3
研究課題名:情報流のパス展開理論と神経ネットワーク活動計測に基づく生物の行動決定機構の解明
役割:研究分担者
研究経費:1,365千円(直接経費:1,050千円)
これまでの研究費
公益財団法人 島津科学技術振興財団 研究助成
研究期間:2019.2〜2022.2
役割:研究代表者
研究経費:1,000千円(直接経費:1,000千円)
日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究(B)一般
研究期間:2018.4〜2021.3
研究課題名:ストレス応答を規定する時間情報コードの解読
役割:研究代表者
研究経費:17,420千円(直接経費:13,400千円)
日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究(B)特設分野
研究期間:2017.7〜2020.3
研究課題名:動物集団による自己組織化の構成的理解
役割:研究分担者
研究経費:6,240千円(直接経費:4,800千円)
日本学術振興会 科学研究費補助金 若手研究(A)
研究期間:2016.4〜2019.3
研究課題名:行動を規定する動的分子機構の解明
役割:研究代表者
研究経費:24,310千円(直接経費:18,700千円)
日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究(C)特設分野
研究期間:2016.7〜2019.3
研究課題名:記憶の分子実体の構成的理解
役割:研究代表者
研究経費:4,810千円(直接経費:3,700千円)
日本学術振興会 科学研究費補助金 挑戦的萌芽研究
研究期間:2015.4〜2018.3
役割:研究代表者
研究経費:4,030千円(直接経費:3,100千円)
公益財団法人 千里ライフサイエンス岸本基金 研究助成
研究期間:2015.11〜2016.11
役割:研究代表者
研究経費:2,000千円(直接経費:2,000千円)
公益財団法人 持田記念医学薬学振興財団 研究助成
研究期間:2015.11〜2016.11
役割:研究代表者
研究経費:3,000千円(直接経費:3,000千円)
公益財団法人 光科学技術振興財団 研究助成
研究期間:2014.11〜2016.11
役割:研究代表者
研究経費:1,300千円(直接経費:1,300千円)
公益財団法人 中島記念国際交流財団 若手研究者研究助成金
研究期間:2014.12〜2016.12
役割:研究代表者
研究経費:5,000千円(直接経費:5,000千円)
日本学術振興会 科学研究費補助金 若手研究(B)
研究期間:2013.4〜2015.3
研究課題名:記憶を規定する神経回路動態のエピジェネティック制御機構の解明
役割:研究代表者
研究経費:4,550千円(直接経費:3,500千円)
公益財団法人 アステラス病態代謝研究会 研究助成
研究期間:2012.11〜2013.10
研究課題名:記憶をコードするエピジェネティック因子の同定
役割:研究代表者
研究経費:1,000千円(直接経費:1,000千円)
国立研究開発法人 科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業「さきがけ」
研究期間:2012.10〜2016.3
研究課題名:記憶の具現化
役割:研究代表者
研究経費:55,852千円(直接経費:42,963千円)
公益財団法人 持田記念医学薬学振興財団 研究助成
研究期間:2011.10〜2012.10
研究課題名:記憶を制御するエピジェネティクスの解明
役割:研究代表者
研究経費:3,000千円(直接経費:3,000千円)
日本学術振興会 特別研究員奨励費
研究期間:2011.4〜2012.9
研究課題名:線虫の記憶を規定する神経回路動態のエピジェネティック制御
役割:研究代表者
研究経費:2,400千円(直接経費:2,400千円)