Publications (*：Corresponding author)
| Imamura R#, Nakane Y#, Kataoka N, Abe H, Ohshima T, Sotoma S, Sugi T* Deep-brain thermo-endomicrscopy bioRxiv, 2025 |
| Shiraya K, Nakane Y, Abe H, Ohshima T, Sugi T, Yoshida Y, Maeda K, Sotoma S* Hybrid nanosensors of carbon quantum dots and fluorescent nano diamonds: ratiometric thermometry and multicolor sensing Carbon (IF: 10.5) Vol. 242, 120457, 2025 |
| Kato YS, Shimazaki Y, Chuma S, Shiraya K, Nakane Y, Sugi T, Okabe K, Harada Y*, Sotoma S* Fluorescent thermometers based on carbon quantum dots with various detection modes for intracellular temperature measurement Nano Letters (IF: 9.6) Vol. 25(14), 5688-5696, 2025 |
| Chiba T, Okumura E, Nishigami Y, Nakagaki T, Sugi T*, Sato K* Caenorhabditis elegans transfers across a gap under an electric field as dispersal behavior Current Biology (IF: 10.9) Vol.33(13), P2668-2677.E3, 2023 |
| Imamura R#, Nakane Y#, Jiajing H, Ito H*, Sugi T* The large-scale cultivation of nematodes to study their collective behaviors J Vis Exp (IF: 1.97) Vol. 198, 2023 |
| Nakano M, Imamura R, Sugi T*, Nishimura M* Human FAM3C restores memory-based thermotaxis of Caenorhabditis elegans famp-1/m70.4 loss-of-function mutants PNAS Nexus (IF: ND) Vol.1(5), pgac242, 2022 |
| Yanagi T, Kaminaga K, Suzuki M, Abe H, Yamamoto H, Ohshima T, Kuwahata A, Sekino M, Imaoka T, Kakinuma S, Sugi T, Kada W, Hanaizumi O*, Igarashi R* All-Optical Wide-Field Selective Imaging of Fluorescent Nanodiamonds in Cells, In Vivo and Ex Vivo ACS Nano (IF: 15.9) Vol.15(8), 12869-12879, 2021 |
| Shigyou K#, Maeoka H#, Igarashi R*, Sugi T* Calcium imaging in freely behaving Caenorhabditis elegans with well-controlled, nonlocalized vibrations J Vis Exp (IF: 0.93) Vol.170, e61626, 2021 |
| Igarashi R*, Sugi T, Sotoma S, Genjo T, Kumiya Y, Walinda E, Ueno H, Ikeda K, Sumiya H, Tochio H, Yoshinari Y, Harada Y*, Shirakawa M* Tracking the 3D Rotational Dynamics in Nanoscopic Biological Systems J Am Chem Soc (IF: 14.7) Vol.142(16), 7542-7554, 2020 |
| Kawatsuki A, Morita S, Watanabe N, Hibino E, Mitsuishi Y, Murayama S, Sugi T, Murayama S, Nishimura M* Lipid class composition of membrane and raft fractions from brains of individuals with Alzheimer's disease Biochem Biophys Rep Vol. 20 100704, 2019 |
| Sugi T*, Ito H*, Nishimura M, Nagai KH* C. elegans collectively forms dynamical networks Nature Communications Vol. 10 No. 1, 683, 2019 |
| Sugi T*, Igarashi R*, Nishimura M Noninvasive mechanochemical imaging in unconstrained Caenorhabditis elegans Materials Vol. 11 No. 6, 1034, 2018 |
| Sugi T* Genome editing of C. elegans Methods Mol Biol Vol. 1630, 247-254, 2017 (Review) |
| Sugi T*, Okumura E, Kiso K, Igarashi R Nanoscale mechanical stimulation method for quantifying C. elegans mechanosensory behavior and memory Analytical Sciences Vol. 32 No. 11, 1159-1164, 2016 |
| Sugi T* Genome editing in C. elegans and other nematode species International Journal of Molecular Sciences Vol. 17 No. 3, 295, 2016 (Review) |
| Sugi T*, Ohtani Y, Kumiya Y, Igarashi R, Shirakawa M High-throughput optical quantification of mechanosensory habituation reveals neurons encoding memory in Caenorhabditis elegans Proc Natl Acad Sci USA Vol. 111 No. 48, 17236-17241, 2014 |
| Yoshinari Y*, Mori S, Igarashi R, Sugi T, Yokota H, Ikeda K, Sumiya H, Mori I, Tochio H, Harada Y*, Shirakawa M Optically detected magnetic resonance of nanodiamonds in vivo; implementation of selective imaging and fast sampling J Nanosci Nanotechnol Vol. 15 No. 1, 1014-1021, 2015 |
| Sugi T*, Ohtani Y Simplified method for cell-specific gene expression analysis in Caenorhabditis elegans Biochem Biophys Res Commun Vol. 450 No. 1, 330-334, 2014 |
| Sugi T#, *, Sakuma T#, Ohtani Y, Yamamoto T (#Equal contribution) Versatile strategy for isolating transcription activator-like effector nuclease-mediated knockout mutants in Caenorhabditis elegans Dev Growth Differ Vol. 56 No.1, 78-85, 2014 |
| Igarashi R#, Yoshinari Y#, Yokota H#, Sugi T, Sugihara F, Ikeda K, Sumiya H, Tsuji S, Mori I, Tochio H, Harada Y*, Shirakawa M* (#Equal contribution) Real-time background-free selective imaging of fluorescent nanodiamonds in vivo Nano Letters Vol. 12 No.11, 5726-5732, 2012 |
| Sugi T, Nishida Y, Mori I* Regulation of behavioral plasticity by systemic temperature signaling in Caenorhabditis elegans Nature Neuroscience Vol. 12 No.8, 855-862, 2011 |
| Nishida Y#, Sugi T#, Nonomura M, Mori I* (#Equal contribution) Identification of the site of action of CREB protein in C. elegans thermotaxis EMBO reports Vol. 14 No.8, 984-992, 2011 |
| Sugi T, Oyama T, Morikawa K*, Jingami H* Structural insights into the PIP2 recognition by syntenin-1 PDZ domain Biochem Biophys Res Commun Vol. 366 No.2, 373-378, 2008 |
| Sugi T, Oyama T, Muto T, Nakanishi S, Morikawa K*, Jingami H* Crystal structures of autoinhibitory PDZ domain of Tamalin: implications for metabotropic glutamate receptor trafficking regulation The EMBO Journal Vol. 26 No.8, 2192-2205, 2007 |
Other publications (Reviews in Japanese)
| 杉 拓磨 “線虫におけるTALENを用いた遺伝子改変” 実験医学別冊「今すぐ始めるゲノム編集」 2014 |
| 杉 拓磨 “私の学会聞き歩き（The First Annual Winter q-bio Meeting）： 構成（合成）生物学の最前線にて” 細胞工学 Vol. 32, No. 6, 2013 |
| 杉 拓磨 “線虫の記憶” 生物物理誌 Vol. 52, No. 3, 144-145, 2012 |
| 杉 拓磨, 森 郁恵 “線虫の記憶を制御する温度受容システムの発見” 実験医学Vol. 30, No. 1, 2012 |
| 杉 拓磨, 森 郁恵 ライフサイエンス新着論文レビュー Online: http://first.lifesciencedb.jp/archives/3233#more-3233 |
| 杉 拓磨, 森川 耿右, 陣上 久人 "代謝型グルタミン酸受容体の細胞膜への輸送メカニズム：足場タンパク質Tamalinによる自己阻害機構の構造機能解析を通じて" 生化学 Vol. 80, No. 5, 416-420, 2008 |
Patents
| 杉 拓磨、今村 隆輝、臼杵 深 特願2025-082803 画像処理装置、画像処理方法およびプログラム |
| 杉 拓磨、井上 智好、臼杵 深 特願2024-053350 画像処理装置、画像処理方法およびプログラム |
| 杉 拓磨、今村 隆輝、広瀬 真里枝、前岡 遥花、臼杵 深 特願2024-025750 ライトフィールド三次元トラッキング制御装置、方法およびプログラムならびにライトフィールド顕微鏡システム |
| 杉 拓磨，井上 智好，今村 隆輝，広瀬 真里枝，臼杵 深 PCT/JP2024/040065 選択照射制御装置，選択照射制御方法およびプログラムならびに選択照射システム |
| 杉 拓磨，井上 智好，今村 隆輝，広瀬 真里枝，臼杵 深 特願2023-198583 選択照射制御装置，選択照射制御方法およびプログラムならびに選択照射システム |
| 杉 拓磨，前岡 遥花，中根 有梨奈，五十嵐 龍治，神長 輝一，柳 瑶美，鈴木 智達 PCT/JP2024/027653 画像解析装置，画像解析方法およびプログラム，ならびに複眼光学系量子計測システムおよび複眼光学系量子計測方法 |
| 杉 拓磨，前岡 遥花，中根 有梨奈，五十嵐 龍治，神長 輝一，柳 瑶美，鈴木 智達 特願2023-128479 画像解析装置，画像解析方法およびプログラム，ならびに複眼光学系量子計測システムおよび複眼光学系量子計測方法 |
| 杉 拓磨，前岡 遥花，五十嵐 龍治，神長 輝一，柳 瑶美，鈴木 智達 PCT/JP2024/027654 画像解析装置，画像解析方法およびプログラム，ならびにライトフィールド量子計測システムおよびライトフィールド量子計測方法 |
| 杉 拓磨，前岡 遥花，五十嵐 龍治，神長 輝一，柳 瑶美，鈴木 智達 特願2023-128478 画像解析装置，画像解析方法およびプログラム，ならびにライトフィールド量子計測システムおよびライトフィールド量子計測方法 |
| 杉 拓磨，今村 隆輝，広瀬 真里枝，臼杵 深 特願2023-003395 画像解析装置，画像解析方法およびプログラム |
| 杉 拓磨，今村 隆輝，臼杵 深 PCT/JP2023/042033 画像処理装置，画像処理方法およびプログラム |
| 杉 拓磨，今村 隆輝，臼杵 深 特願2022-202566 画像処理装置，画像処理方法およびプログラム |
| 杉 拓磨，執行 航希，臼杵 深 特開2023-072914（特願2021-185638） ライトフィールド光学系およびライトフィールド画像処理システム |
Awards
| 杉 拓磨（受賞者） 公益財団法人 中島記念国際交流財団 若手研究者研究助成, 2014年12月 |
| 杉 拓磨（受賞者），西田 征央，森 郁恵 第62回日本細胞生物学会大会 若手優秀発表賞, 2010年5月 |
| 杉 拓磨（受賞者）， 森川 耿右，陣上 久人 第82回日本生化学大会 優秀プレゼンテーション賞, 2009年10月 |
| 杉 拓磨（受賞者），西田 征央，森 郁恵 日本遺伝学第80回大会 ベストペーパー賞, 2008年9月 |
Grant
| 現在進行中の研究 |
| 国立研究開発法人 科学技術振興機構 大学発新産業創出基金事業 研究期間：2025.4〜2028.3 研究課題名：生体機能のリアルタイム３Ｄ撮影システムの事業化 役割：研究代表者 研究経費：78,000千円（直接経費：6,000万円） |
| 日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究（A） 研究期間：2024.4〜2028.3 研究課題名：動物集団における情報伝達機構の解明 役割：研究代表者 研究経費：47,450千円（直接経費：36,500千円） |
| 国立研究開発法人 科学技術振興機構 創発的研究支援事業 研究期間：2023.4〜2030.3 研究課題名：革新的リアルタイム三次元計測・操作技術の開発と応用 役割：研究代表者 研究経費：65,000千円（直接経費：50,000千円） |
| 日本学術振興会 科学研究費補助金 学術変革領域研究（B） 研究期間：2023.4〜2026.3 研究課題名：細胞内３Ｄ環境のマルごとシングルショット計測技術の開発と応用 役割：研究代表者 研究経費：39,000千円（直接経費：30,000千円） |
| 日本学術振興会 科学研究費補助金 挑戦的開拓 研究期間：2023.6〜2027.3 研究課題名：３次元空間の１細胞光遺伝学の創成 役割：研究代表者 研究経費：26,000千円（直接経費：20,000千円） |
| 日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究（C） 研究期間：2025.4〜2028.3 研究課題名：情報流のパス展開理論と神経ネットワーク活動計測に基づく生物の行動決定機構の解明 役割：研究分担者 研究経費：1,365千円（直接経費：1,050千円） |
| これまでの研究費 |
| 国立研究開発法人 科学技術振興機構 未来社会創造事業 研究期間：2022.10〜2025.3 研究課題名：生体内三次元動態のオペランド解析技術の開発 役割：研究代表者 研究経費：50,180千円（直接経費：38,600千円） |
| 国立研究開発法人 科学技術振興機構 A-STEP 研究期間：2022.10〜2025.3 研究課題名：スキャンレス４Dイメージング・操作顕微鏡の開発 役割：研究代表者 研究経費：41,600千円（直接経費：32,000千円） |
| キヤノン財団研究助成プログラム 研究期間：2022.4〜2025.3 研究課題名：超高速高分解能３D計測・操作を実現する新顕微鏡の開発 役割：研究代表者 研究経費：20,000千円（直接経費：20,000千円） |
| 日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究（C） 研究期間：2022.4〜2025.3 研究課題名：情報流のパス展開理論と神経ネットワーク活動計測に基づく生物の行動決定機構の解明 役割：研究分担者 研究経費：1,365千円（直接経費：1,050千円） |
| 日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究（B）一般 研究期間：2021.4〜2024.3 研究課題名：個体集団における状態転移機構の解明 役割：研究代表者 研究経費：17,160千円（直接経費：13,200千円） |
| 国立研究開発法人 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業 PRIME 研究期間：2019.10〜2023.3 研究課題名：全ライフコース全脳イメージングによる力覚応答反応低下機構の解明 役割：研究代表者 研究経費：92,300千円（直接経費：71,000千円） |
| 国立研究開発法人 科学技術振興機構 START（ビジネスモデル検証支援） 研究期間：2022.8〜2023.3 研究課題名：超高速高解像４Ｄイメージング顕微鏡技術の事業化検証 役割：研究代表者 研究経費：5,850千円（直接経費：4,500千円） |
| 日本学術振興会 科学研究費補助金 新学術領域研究「ソフトロボット学の創成」計画班 研究期間：2018.7〜2023.3 研究課題名：コントローラブルな生物リズム・パターンの創成 役割：研究分担者 研究経費：32,240千円（直接経費：24,800千円） |
| 公益財団法人 島津科学技術振興財団 研究助成 研究期間：2019.2〜2022.2 役割：研究代表者 研究経費：1,000千円（直接経費：1,000千円） |
| 日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究（B）一般 研究期間：2018.4〜2021.3 研究課題名：ストレス応答を規定する時間情報コードの解読 役割：研究代表者 研究経費：17,420千円（直接経費：13,400千円） |
| 日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究（B）特設分野 研究期間：2017.7〜2020.3 研究課題名：動物集団による自己組織化の構成的理解 役割：研究分担者 研究経費：6,240千円（直接経費：4,800千円） |
| 日本学術振興会 科学研究費補助金 若手研究（A） 研究期間：2016.4〜2019.3 研究課題名：行動を規定する動的分子機構の解明 役割：研究代表者 研究経費：24,310千円（直接経費：18,700千円） |
| 日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究（C）特設分野 研究期間：2016.7〜2019.3 研究課題名：記憶の分子実体の構成的理解 役割：研究代表者 研究経費：4,810千円（直接経費：3,700千円） |
| 日本学術振興会 科学研究費補助金 挑戦的萌芽研究 研究期間：2015.4〜2018.3 役割：研究代表者 研究経費：4,030千円（直接経費：3,100千円） |
| 公益財団法人 千里ライフサイエンス岸本基金 研究助成 研究期間：2015.11〜2016.11 役割：研究代表者 研究経費：2,000千円（直接経費：2,000千円） |
| 公益財団法人 持田記念医学薬学振興財団 研究助成 研究期間：2015.11〜2016.11 役割：研究代表者 研究経費：3,000千円（直接経費：3,000千円） |
| 公益財団法人 光科学技術振興財団 研究助成 研究期間：2014.11〜2016.11 役割：研究代表者 研究経費：1,300千円（直接経費：1,300千円） |
| 公益財団法人 中島記念国際交流財団 若手研究者研究助成金 研究期間：2014.12〜2016.12 役割：研究代表者 研究経費：5,000千円（直接経費：5,000千円） |
| 日本学術振興会 科学研究費補助金 若手研究（B） 研究期間：2013.4〜2015.3 研究課題名：記憶を規定する神経回路動態のエピジェネティック制御機構の解明 役割：研究代表者 研究経費：4,550千円（直接経費：3,500千円） |
| 公益財団法人 アステラス病態代謝研究会 研究助成 研究期間：2012.11〜2013.10 研究課題名：記憶をコードするエピジェネティック因子の同定 役割：研究代表者 研究経費：1,000千円（直接経費：1,000千円） |
| 国立研究開発法人 科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業「さきがけ」 研究期間：2012.10〜2016.3 研究課題名：記憶の具現化 役割：研究代表者 研究経費：55,852千円（直接経費：42,963千円） |
| 公益財団法人 持田記念医学薬学振興財団 研究助成 研究期間：2011.10〜2012.10 研究課題名：記憶を制御するエピジェネティクスの解明 役割：研究代表者 研究経費：3,000千円（直接経費：3,000千円） |
| 日本学術振興会 特別研究員奨励費 研究期間：2011.4〜2012.9 研究課題名：線虫の記憶を規定する神経回路動態のエピジェネティック制御 役割：研究代表者 研究経費：2,400千円（直接経費：2,400千円） |